El 27 de noviembre de 2001, la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) emitió la Recomendación 26/2001, dirigida al entonces Titular del Poder Ejecutivo Federal, en la que concluyó que en 275 casos de personas reportadas como desaparecidas se comprobaron violaciones a los derechos a la seguridad e integridad de su persona, a la igualdad ante la ley, a la justicia, a la circulación y residencia, a la protección contra la detención arbitraria, así como al proceso regular.

n atención a la Recomendación, el entonces Procurador General de la República creó la Fiscalía Especial para la Atención de Hechos Probablemente Constitutivos de Delitos Federales Directa o Indirectamente por Servidores Públicos en contra de Personas Vinculadas con Movimientos Sociales y Políticos del Pasado (FEMOSPP) el 4 de enero de 2002.

Del total de las indagatorias recibidas de FEMOSPP, doscientas noventa y cuatro (294) averiguaciones previas se integraron por el delito de desaparición forzada de personas, mientras que las restantes se integraron por delitos diversos.

De los expedientes recibidos de la FEMOSPP en los que se investiga el delito de desaparición forzada de personas, no se ha concluido o determinado indagatoria alguna por no ejercicio de la acción penal.
Diversas instituciones participan en las Jornadas de Trabajo, entre ellas la CNDH (como observadora); la Secretaría de Gobernación (para los efectos de la reparación administrativa); la Comisión Ejecutiva de Atención a Víctimas (para los efectos de reparación administrativa); la Subprocuraduría de Derechos Humanos, Prevención del Delito y Servicios a la Comunidad (como observadora); y a la Coordinación General de Servicios Periciales (actividades periciales).

De manera paralela, el Archivo General de la Nación, realiza una minuciosa búsqueda en el acervo documental de la Secretaría de la Defensa Nacional (SEDENA) y se solicitan copias certificadas de la información relevante para cada caso, a efecto de agregarla a las diversas averiguaciones previas en curso.
La Secretaría de Gobernación, a través de la Unidad para la Defensa de los Derechos Humanos, es la dependencia de la Administración Pública Federal, encargada de dar el seguimiento y cumplimiento a las reparaciones administrativas que se otorguen a las víctimas de desaparición forzada acreditadas en la recomendación 26/2001 emitida por la CNDH.

El 25 de octubre de 2012 se constituyó el “Fideicomiso para el Cumplimiento de Obligaciones en Materia de los Derechos Humanos”, con la finalidad de cubrir las reparaciones derivadas de las sentencias de la Corte Interamericana de Derechos Humanos, así como de las medidas cautelares dictadas por la Comisión Interamericana de Derechos Humanos y la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, cuando los recursos para su cumplimiento no se encuentren previstos en el Presupuesto de Egresos de la Federación.