Dentro de las Reglas del Programa de Infraestructura Indígena se establece la verificación de documentación que se debe contar con el dictamen de impacto ambiental, permisos de aprovechamiento de aguas, de descargas de aguas residuales, aprovechamiento de recursos naturales, cuando así lo requieran los proyectos de obra a ejecutar.

El Programa Federal de Saneamiento de Aguas Residuales incrementa el tratamiento de aguas residuales municipales en las entidades federativas del país, con el propósito de apoyar en la prevención y/o control de la contaminación de aguas nacionales. Por su parte, el apartado Infraestructura para el Tratamiento de Aguas Residuales debe llevarse a cabo cumpliendo con los parámetros establecidos en la norma oficial mexicana correspondiente.

Por otro lado, el volumen y la concentración de las cargas contaminantes han aumentado derivado del crecimiento poblacional y de las actividades económicas, por lo que hace necesaria la modificación de los límites permisibles de contaminantes en las descargas de aguas residuales.